Kolme kohtaloa siirtyy 1980-luvun Saksasta 1500-luvun Liivinmaalle ja takaisin; aikakausien vaihdoksiin liittyvät kertojanvaihdokset. Romaanin kehyskertomuksen minäkertojana toimii Neuvosto-Virossa elävä, saksalaismiehen kanssa avioitunut nainen, joka matkustaa tyttärensä kanssa Weimariin. Matkalla hän tutustuu ikääntyneeseen museovirkailijaan Christiane Mannkeen, joka esittelee hänelle vanhan liivinmaalaisen käsikirjoituksen. Minäkertoja päätyy käsikirjoituksen lukijaksi, itse sitä tahtomattaan. Käsikirjoitus vie lukijansa 1500-luvulle, Barbara von Tisenhusenin aikaan ja ympäristöön; käsikirjoituksen sisältö muodostaa romaanin valtaosan. Minäkertojaksi vaihtuu virolainen talonpoika, joka on päässyt papin oppilaaksi ja päätyy – niin ikään itse tahtomattaan – Barbaran uskotuksi, rippi-isäksi ja lopulta suojelijaksi kostonhimoisia veljiä vastaan. Kun romaanin viimeisissä luvuissa palataan 1980-luvulle, keskeisiksi nousevat kysymykset kerrotun uskottavuudesta: onko käsikirjoitus aito vai väärennös, kertooko se enemmän 1500-luvulla eläneestä aatelisneidosta vai käsikirjoituksen löytäjäksi esittäytyneestä Mannkesta itsestään. Viime vaiheillaan Kolme kohtaloa saa suorastaan jännityskertomuksen piirteitä: tuntemattoman käsikirjoituksen, Mannken ja kehyskertomuksen minäkertojan tarinoihin solmiutuu kertomus sotienaikaisesta, unohduksiin jääneestä taiteilijasta ja tämän kadonneiksi luulluista teoksista.