Isa Rodrigues on idealistlik jesuiidipreester Portugalist, kes rändab 1640ndatel salaja Jaapanisse kavatusega aidata tagakiusatud jaapani kristlasi. Ta võetakse peagi kinni ja temast saab tunnistaja jaapani kristlaste erakordselt piinarikastele kannatustele. Ka isa Rodrigues ise pannakse valiku ette – loobuda elust või oma Jumalast. Lisaks sõltuvad tema valikust ka tema kaaslaste elud. Ta on kaotamas usku nii endasse kui Jumalasse. Miks Jumal lubab süütutel nii palju kannatada? Millise piirini on võimalik oma väärtuste seista? Kas pealesunnitud avalik taganemine neist on ikka reetmine? Kas sellise reetmisega on endaks jäädes võimalik leppida, isegi kui Jumal vaikib?