Arhiivijuhi kolmanda köite põhiosa moodustavad vabade ühenduste (seltsid, ühisused, parteid jne), kollektsioonide ja ettevõtete fondide kirjeldused. Lisaks neile käsitleb omaette peatükk arhiivijuhi I–II osast välja jäänud ja aastatel 2005–2008 (pärast arhiivijuhi II osa ilmumist) arhiivi lisandunud fonde. Eraldi köidet jäävad ootama isiku- ja mõisafondid ning pärast Viljandi ja Pärnu maa-arhiivi likvideerimist 2008. aastal ajalooarhiivile üle antud fondid.